Malgré le développement des filières régionales, la mise en place de la certification de produit, les exigences commerciales relatives aux cahiers des charges, la traçabilité, et l'obligation réglementaire de mettre en place l'HACCP, certains aspects ne sont pas toujours maîtrisés. Il paraît important de cibler les interventions sur le terrain, de préférence en coordination avec les interprofessions régionales, sur les points suivants : réception, stockage et conduite à l'anesthésie des animaux, anesthésie manuelle ou semi-automatique des porcs, défauts d'aspects des carcasses (épilation, hématomes, fractures, pétéchies), et hygiène (manipulations, nettoyage-désinfection).

En 2003, cette action s'est attachée à réaliser des diagnostics simplifiés d'abattoirs (30 abattoirs), en insistant sur les points cités ci-dessus.

Il est à noter que les résultats des audits sont confidentiels.